O Unity apresenta desempenho inferior ao de código nativo pois ele gera código gerenciado, e roda sobre o Mono, uma implementação open source do .Net framework. Obviamente código gerenciado tem suas vantagens e desvantagens.
Mas isso tudo é significativo quando nos referimos ao consumo de CPU, porém quando falamos de render, não existe essa distinção, o código de GPU é nativo e roda direto na placa. O que deve ser levado em consideração quando comparamos com outras engines são outros aspectos, como rendering pipeline (fixa ou programável), os shaders utlizados (sejam eles criados pelo usuário ou os nativos da engine), que são muito determinantes.
Trabalho profissionalmente com Unity há mais de 1 ano, e posso garantir que, balanceando produtividade, qualidade e facilidade de acesso (preço), ele mata a pau. Quando consideramos apenas o setor de webgames então, mais uma lavada do Unity, que hoje praticamente reina soberano.
Não a toa, EA já anuncia desenvolvimento em Unity (
http://groundswellgames.com/2009/tiger-woods-pga-tour-online-built-with-unity/), franquias grandes já a utilizam (
http://starwars.lego.com/en-US/funandgames/Clonewars.aspx), e reviews apontam como uma das grandes (no caso a quarta) engines entre todas (
http://www.develop-online.net/features/516/THE-TOP-10-GAME-ENGINES-NO4-Unity-3D).
E apesar do desempenho do Unity, na minha opinião, ser totalmente satisfatório e praticamente na média de qualquer outra engine, devemos nos lembrar de que não é só desempenho que faz um game. Para quem nunca viu, aqui vai a lista ordenada dos títulos mais vendidos da história, segundo o site mais respeitado no que se refere a números de jogos:
http://vgchartz.com/games/index.php?&results=50&name=&console=&keyword=&publisher=&genre=&order=Sales&boxart=Both&showdeleted=®ion=All&alphasort=
Abraço